El querido poeta del pueblo, como era conocido, tuvo un triste final, una agonía de más de 15 años luchando contra el cáncer de huesos, el cual, al final de sus días, ya no le permitía ni ponerse de pie, en un cuarto de terapia intensiva, con mucho dolor y sufrimiento, así fueron sus últimos minutos.
Al principio de su diagnóstico, Joan Sebástian se mostraba fuerte, muy valiente y confiado, de que se iba a sobreponer a este mal, así como a otras penas que había pasado en el transcurso de su vida.
Incluso probó tratamientos alternativos con el fin de que el cáncer desapareciera.
Y es que la vida del rey del jaripeo, no fue fácil, el primer obstáculo que tuvo que vencer, fue la pobreza, ya que el nacido en Juliantla Guerrero, un 8 de abril de 1951, había salido adelante con una carrera artística de más de 40 años, por lo tanto, él estaba ya acostumbrado a vencer en la vida, así que tomó el diagnóstico como un simple obstáculo, del cual saldría adelante.
Muchos han de recordar la anécdota del día que le reclamó a Raúl Velasco, su falta de apoyo al inicio de su carrera, él logró cimentar su trayectoria, sin el apoyo de siempre en domingo, primero tuvo éxito por fuera, para que se dignaran a voltear a verlo, ya que había ganado discos de oro por las altas ventas, entonces fue allí que lo invitaron al programa.
el hecho de no ser agraciado fisicamente, hizo que Raúl Velasco le cerrara las puertas de acceso al programa dominical, puertas que Joan, decidió abrirse a base de esfuerzo, cuando se prometió a sí mismo, que un día, Raúl Velasco, tendría tiempo para él, y así lo hizo.