Прошел год после событий, описанных в Batman: Arkham Asylum. По воле нового мэра в Готэме появилась обширная территория, отгороженная от цивилизации непреступной стеной. Это своеобразный город в городе - район Аркхэм, где бесчинствуют выпущенные из пресловутой психиатрической клиники и предоставленные сами себе безумцы, матерые преступники и маньяки. Ну а, как известно, где зло - там и Бэтмен! Здесь легендарный супергерой спасет от жестокой смерти Кошку и продолжит борьбу с целой плеядой знаменитых злодеев, среди которых Двуликий, Джокер и его подружка Харли Квин.