Kıyam; III. Ahmet’in tahtta olduğu, Osmanlı’nın Avrupa ile ilişkilerini savaş alanlarından diplomasi alanına kaydırma çabalarının yaşandığı bir dönemde geçmektedir. Her geçiş ve yenilenme dönemi gibi bu dönemde de, kışkırtmalara açık duran statükocularla ve yenilenmenin iyileşme olduğunun farkında olan değişim yanlıları arasında kanlı bir hesaplaşma yaşanmaktadır. Bu kanlı hesaplaşmaya başka devletlerin istihbarat teşkilatları da fiilen katılır.
Hikâyemizin kahramanlarından eski bir solakbaşı olan Murat; karısının ısrarı üzerine silahını bırakmış, kendi küçük ve mutlu dünyasına çekilmiştir. Karısı Goncanigar’ın, Şeyh’in öldürülmesine tanık olması ve Acem’in gönderdiği adamların ‘tanık olduğu için’ Goncanigar’ı katletmesiyle, Murat kendini olayların içinde ve tarafında bulur.
Acem Şahı kendi oğlunu şehzade olarak Osmanlı tahtına geçirmek istemektedir. Bunun için de “düşmanımın düşmanı dostumdur” şiarıyla Kasım ve Canseza’yı görevlendirir…
Canseza’nın Murat’a âşık olması Canseza’yı intikamı ile aşkı arasında bırakır. Babasının intikamı için yolan çıkan Kasım, intikam arzusuna saplanıp kalır ve kendi sonunu hazırlar…
Acem Şahı birçok koldan saldırmaktadır. Bu saldırıların vurucu gücü ise zamanında kimsenin pek de hesaba almadığı bir hamam tellağı olan Patrona Halil’dir.