Současný manýristický kostel byl postaven v letech 1598 až 1602. V polovině 18. století se přistoupilo k obnově jeho interiéru. Klenba byla opatřena freskovou výzdobou a původní zařízení doplnily, případně nahradily, nové oltáře. Na konci 2. světové války byl kostel značně poškozen při bombardování a v letech 1945-52 prošel náročnou;opravou. Po roce 1989 se správy kostela opět ujali jezuité. Od té doby v kostele;probíhají další opravy. 29. června 2014 byly v kostele vysvěceny nové varhany švýcarské firmy Mathis.
V kryptě kostela se nachází v prosklené rakvi tělo P. Martina Středy SJ, který je nazýván ochráncem města Brna. V roce 1645 bylo město díky jeho prozíravosti a pomoci uhájeno před dobytím švédskými vojsky. Lid toto vítězství připisoval jeho modlitbám a přímluvě Panny Marie.
Hudba: J. Pachelbel: Toccata et fuga in C