Los orígenes de Llaneres son remotos. Los romanos establecieron una villa que más adelante fortificaron. En el siglo VIII , con el derribo de la monarquía visigoda, los árabes se apoderaron de las tierras hispánicas. Tras la liberación, Llaneres pasó a pertenecer al condado de Empúries en cuanto a la jurisdicción civil, y dependiente del obispado de Girona con respecto al aspecto religioso. El 1300 el conde Ponç Hug IV de Empúries decidió construir un castillo en la frontera entre los condados de Empúries y el de Girona. El punto estratégico era Llaneres, donde se erigió la construcción que pondría fin al nombre originario del pueblo. La fortaleza se llamó castillo de Empordày acabaría dando nombre al pueblo. Alrededor del castillo se iría formando el núcleo más compacto de población.
El 1584 amuralla las casas que se construyeron en el entorno del castillo. Debido al crecimiento de población, se reconstruyó la iglesia de San Martín de Llaneres . Ya en 1936 , la iglesia fue asaltada y el mobiliario y objetos de culto, destruidos. El castillo también fue saqueado. El 1960 llegó la electricidad al pueblo, efeméride que se celebró con un acto religioso y una audición de sardanas con la asistencia de las autoridades provinciales y locales. ] En 1972 el municipio fue anexado a la Bisbal, después de que el Ayuntamiento de Castillo de Emprordà lo pidiera debido al descenso de población y de la falta de recursos económicos.
En 1960 tenía 120 habitantes repartidos en 25 casas entre las situadas alrededor del castillo y las masías diseminadas. El censo del 1981 indica 14 habitantes en el casco urbano y 127 en diseminado. El 2016 tenía 42 habitantes.