La chiesa sorge sul sito di un tempio pagano dedicato a Bacco e nello stesso luogo dove, secondo la tradizione devozionale, sorgeva la casa di S. Agata.
Nella omonima piazza, a pochi metri da palazzo Biscari e dalla cattedrale, la chiesa è uno dei monumenti più rilevanti del barocco catanese. L’originaria chiesa fu fondata nei primi anni del XV secolo sul sito di un tempio pagano dedicato a Bacco e nello stesso luogo dove, secondo la tradizione devozionale agatina, sorgeva la casa della santa. Poco dopo la sua costruzione, alla chiesa fu annesso il monastero delle monache benedettine. Il terremoto del 1693 distrusse anche questo complesso conventuale e le tre monache superstiti iniziarono subito ad operare per la ricostruzione del complesso conventuale. Il progetto della nuova chiesa si deve all’architetto polacco Stefano Ittar. La facciata, su due ordini, è tripartita da alte lesene con capitelli corinzi. Dalla partitura centrale concava, in cima alla scala di ingresso, si accede all’interno della chiesa a navata unica, dove dominano due colori: il bianco degli stucchi e quello della foglia d’oro che generosa ricopre cornici, modanature e decorazioni barocche. Alle spalle della chiesa vi è l’edificio del monastero con il grande cortile classicheggiante. Acquisito nel 1909 dal comune, l’edificio è oggi il palazzo della cultura, sede di numerosi eventi artistici e culturali.