En 1792 llegó a Santafé el arquitecto capuchino Fray Domingo Buix de Petrés, a quien acudieron los Dominicos. En 1793 vino a Chiquinquirá y aceptó dirigir la obra de la construcción del actual Santuario. En enero de 1796 se inicia la obra de la actual Basílica, sin solemnidad de "primera piedra". Había que "trabajar con una mano, y tener el arma den la otra". El municipio abrió campaña de cerrada oposición a la Comunidad Dominicana. Como la autoridad local se parcializó, se pidió concejo en Santafé al Fiscal, Domingo Caicedo, quien se pronunció a favor de la Comunidad Dominicana. Los Dominicos iniciaron la construcción con un coraje insuperable. La obra negra terminó hacia 1813. La consagración de la Basílica tuvo lugar en 1823.
Descripción de la Basílica
El templo iniciado en enero de 1796 y consagrado en 1823, mide 79 metros de largo por 35 de ancho y 15,84 de alto. El arquitecto Fr. Domingo Buix de Petrés, capuchino valenciano, edificó el templo en dirección S. E. para que en la mañana le entrara luz por el costado norte, al mediodía por la cúpula y por la tarde por el lado sur. Además de las ventanas, hay dos de forma oval en cada una de las 13 capillas.
El arquitecto Antonio Cortés Mesa, dejó los siguientes datos arquitectónicos del templo: "La Basílica es de estilo neoclásico, basado en el orden dórico, la cúpula tiene un perfil de las cúpulas del renacimiento; los capiteles, cornisones y ventanales son de estilo dórico; los altares son de estilo barroco.
Las naves laterales tienen 19 bóvedas de arista y descansan sobre tres arcos de medio punto y un entrepaño en el cual hay una ventana que da luz a cada bóveda. 10 columnas de la nave central, seis sencillas sostienen la bóveda principal. El contorno del templo está levantado sobre parástades, columnas, embutidos y arcos que forman las capillas con su entablamento alrededor de las dos naves laterales, todo en orden dórico. 15 capillas que se pensaban dedicar a los 15 misterios del rosario, hoy ostentan imágenes de María y santos dominicos.