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Foi em 1999 que Marcos assumiu a titularidade do Palmeiras. Substituiu o contundido Velloso ainda na fase de grupos, ajudou a equipe a eliminar o então campeão Vasco nas oitavas de final e foi canonizado contra o Corinthians, nas quartas de final, em confronto que ficou conhecido como o Dérbi do Século. o camisa 12 fechou o gol nas duas partidas e ainda brilhou na cobrança de pênaltis, recebendo a eterna alcunha de São Marcos.