Atlantis: The Lost Empire - это трехмерная игра в жанре экшн с элементами решения головоломок, основанная на одноименном фильме Диснея. Игрок может взять под свой контроль одного из шести разных персонажей (Майло Тэтч, Гаэтан Мольер, Винченцо Санторини, Одри Рамирес, Вильгельмина Паккард и Кидагакаш), пытаясь добраться до затерянного города Атлантиды и спасти его от разрушения.
Каждый персонаж обладает собственными уникальными способностями, и игрок может переключаться между ними, используя радио, расположенное вокруг уровней. Геймплей напоминает игры Tomb Raider, включающий в себя сражения и преимущественно физические и экологические головоломки. Также есть секция, где игрок управляет подводной лодкой и должен сразиться с левиафаном, охраняющим вход в Атлантиду.