En el incanato, desde Saqsaywaman se controlaba el suministro del líquido vital, tanto para su uso ceremonial como para el uso cotidiano, en el propio Saqsaywaman como en la llaqta del Qosqo. Para el control y administración del agua los gobernantes incas mandaron construir redes de captación, canales de distribución y fuentes de almacenamiento, tanto en Saqsaywaman como en la antigua capital del imperio Tawantinsuyano.
Una de la evidencias más importantes de este sistema hidráulico es la canalización ubicada en el sector de Puqro, donde la Dirección Desconcentrada de Cultura de Cusco ha emprendido el proyecto de recuperación del encauzamiento en el tramo puente Mulluqocha - Sapantiana.