Чтобы поместить нумерацию формул в конце строки рядом с формулой, нужно создать таблицу из двух столбцов и одной строки и перетащить в первый столбец саму формулу, а во второй столбец нумерацию. Затем границы таблицы сделать невидимыми. Внутри столбцов ориентацию формулы и номера можно сделать по правому краю или отрегулировать ширину столбца так, чтобы номер располагался всегда в одном месте., а формулу - посредине первого столбца.

Для того, чтобы нумерацию объектов связать с номером раздела, необходимо выделить наименование соответствующего раздела и во вкладке "СТИЛИ" задать ему формат "Заголовок" и включить нумерацию на вкладке "Нумерованный список", а затем при настройке "нумерации" формул, рисунков и т.д. нажать "Включить номер главы". Разделитель между цифрами выбрать "точка". Все будет по ГОСТ. Еще один момент - это скобки в формулах. Это достигается манипуляцией с окошком "подпись". запишите туда левую скобку, а после номера в поле "Название" завершите его правой скобкой, разделитель - "точка".