โบราณคดีใต้น้ำ เป็นสาขาวิชาโบราณคดี ที่ศึกษาประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมสมัยโบราณของมนุษย์ โดยอ้างอิงข้อมูลจากหลักฐานโบราณวัตถุ ซากเรือหรือสิ่งก่อสร้างที่จมอยู่ หรือเคยจมอยู่ใต้น้ำ เช่น อ่าวไทยและแม่น้ำลำคลอง เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ การคมนาคม การติดต่อค้าขายทางทะเล ตลอดไปจนถึงสินค้า และแหล่งผลิตสินค้า ในอู่อารยธรรมต่างๆ
นักโบราณคดีใต้น้ำ ต้องมีความรู้ความเข้าใจในทางโบราณคดี และชำนาญในการดำน้ำ เพื่อขุดค้นโบราณวัตถุที่จมอยู่ใต้น้ำ ซึ่งปัจจุบัน โบราณวัตถุที่เก็บกู้ได้ ถูกนำมาเก็บรักษาไว้ที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพาณิชย์นาวี ที่ตั้งอยู่ในค่ายเนินวง จันทบุรี