Сюжет Injustice 2 начинается с того, как планета вновь не может наслаждаться установленным перемирием. Группа антагонистов во главе с Гориллой Гродд решает воспользоваться тем фактом, что светлая сторона героев была частично уничтожена внутренним конфликтом. Бой с Гроддом и его помощниками - только начало. Оказывается, миру угрожает некто гораздо худший - Brainiac. Его прибытие означает, что Бэтмену и Супермену придется объединить усилия. Многие элементы геймплея переняты из первой части, например, взаимодействия с элементами среды, доступными для использования во время боя (но теперь многие атаки такого типа могут быть временно заблокированы), многоуровневые доски или специальный индикатор, позволяющий войти в состояние, значительно увеличивает боевой потенциал подопечного героя.
Теперь бойцы не только обладают уникальными способностями, но также имеют четыре параметра, отвечающие за силу, выносливость, здоровье и особые умения. Побеждая в новых сражениях, пользователь получит опыт и экипировку. Повышение параметров персонажа до более высокого уровня увеличивается с опытом, то же самое относится и к экипировке. Она способна предоставлять различные преимущества или изменять внешний вид персонажа. У каждого героя есть пять слотов инвентаря. Что касается режимов, то помимо стандартного файтинга создатели также добавили новый - Multiverse. В нем герой путешествует по различным "мирам" из вселенной DC Comics, принимая участие в различных испытаниях. Этот режим поможет получить различные предметы и навыки, позволяющие обрести преимущество во время сражения.