Franeker zou rond 800 zijn ontstaan als een Karolingisch castellum. De naam zou afkomstig zijn van "Froon-acker", ofwel "land van de heer/koning"; de oudste straat van de stad heet nog steeds Froonacker. Van de 11e eeuw tot de 16e eeuw ontwikkelde Franeker zich tot het bestuurlijk centrum van noordelijk Westergo. In 1419 werd Franeker middels de 'Buurtbrief' erkend als zelfstandige stad en maakte het zich daarmee formeel los van de grietenij Franekeradeel.
Op 12 mei 1500 werd de stad belegerd door een leger van 16.000 ontevreden Friezen tijdens het beleg van Franeker naar aanleiding van de hoge pachten en belastingen die werden geheven door Albrecht en zijn zoons Hendrik en George van Saksen. Hendrik vestigde zijn zetel in de stad Franeker. Met het beleg van de stad richtten de Friezen niets uit doordat ze slecht getraind en georganiseerd waren. Hertog Albrecht van Saksen verzamelde in alle haast een talrijk leger om Hendrik en de stad Franeker te ontzetten. Uiteindelijk werden de Friezen op 16 juli 1500 verslagen en de stad ontzet. Op 26 maart 1501 schenkt Hendrik V van Saksen de stad Franeker een aanzienlijk (200 morgen) stuk buitendijks kwelderland, genaamd de Franekerlanden.
Aan het einde van de 15e eeuw vestigde hertog Albrecht van Saksen zich tijdelijk in Franeker en leek het de hoofdstad van Friesland te worden. In 1504 weken de Saksen echter uit naar Leeuwarden vanwege haar beter verdedigbare blokhuis. Daarna bleef de stad nog lange tijd belangrijk voor de Saksen, totdat Friesland als bezit overging naar Karel V.
Toen de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden in opstand kwam tegen Spanje, koos Franeker al vroeg de zijde van Willem van Oranje. Franeker werd hiervoor in 1585 beloond met een universiteit, de Universiteit van Franeker, op de Universiteit van Leiden na de oudste van Nederland. Er werden vier redenen aangevoerd: het was goedkoper dan studeren in Leiden, de ouders konden beter op het gedrag van hun kinderen letten, het was goed voor de ontwikkeling van de bevolking en het geld dat de studenten zouden uitgeven bleef binnen de provincie. Aan deze "Franeker Academie", geschonken door de Friese stadhouder Willem Lodewijk van Nassau en geopend op 29 juli 1585, kon men theologie, rechten, medicijnen, klassieke talen, wijsbegeerte en wis- en natuurkunde studeren. Een van de studenten was prins Willem IV.
Het verhaal gaat dat inwoners van Franeker in de Middeleeuwen geprobeerd hebben een kerkklok te stelen uit Harlingen. Sindsdien worden de Franekers klokkendieven genoemdIn de 18e eeuw raakte de stad in verval, maar in de patriottentijd deed Franeker nog van zich spreken. In september 1785 werd het tweehonderdjarig bestaan van de Hogeschool gevierd. Prinses Wilhelmina van Pruisen nam deel aan de feestelijkheden zonder haar echtgenoot, die zich geconfronteerd zag met verlies aan macht en invloed en al zijn bevoegdheden wilde opgeven: overal in het land waren exercitiegenootschappen opgericht, het dragen van oranje was sinds enkele weken verboden en in 's-Gravenhage was hij uit zijn militaire functie ontzet. In mei 1787 werd het de studenten en professoren (zoals Johan Valckenaer) verboden deel te nemen aan de oefeningen van het exercitiegenootschap. De Staten van Friesland vaardigden eind mei bovendien een verbod uit om wapens aan te schaffen, met als gevolg dat de patriotten zich in hun vrijheid voelden aangetast. Binnen enkele dagen zouden in Friesland nieuwe regeringsreglementen in werking treden, met strengere eisen aan de vroedschapsleden. De Staten van Friesland waren bang voor een herhaling van wat zich in augustus 1786 in de stad Utrecht had afgespeeld: daar hadden de landelijk verzamelde exercitiegenootschappen de prinsgezinde leden van de stadsregering aan de kant gezet. Enkele weken later dreigde een Pruisische inval en meteen werden in sommige plaatsen defensiegenootschappen opgericht, want het gewest Holland wilde geen excuses aanbieden voor de aanhouding van de prinses, die naar Goejanverwellesluis was opgebracht.