Το όνομα της προέρχεται από το αρχαίο «Καντανία», που σημαίνει «πόλη της νίκης». Ορισμένοι ισχυρίζονται ότι προέρχεται από το «Κάντορες», που σημαίνει οι κρατούντες. Στα πρωτοχριστιανικά χρόνια ήταν έδρα Επισκοπής. Από την Κάντανο ξεκίνησε η επανάσταση του 1866 στην Κρήτη. Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας ήταν έδρα Τούρκου διοικητή. Κατά το Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο και συγκεκριμένα στις 3 Ιουνίου 1941 καταστράφηκε από τους Γερμανούς σε αντίποινα για την ένοπλη αντίσταση που έδειξαν οι κάτοικοι με τη βοήθεια και των κατοίκων των γειτονικών χωριών στα Φλώρια και στο φαράγγι πριν το χωριό κατά την Μάχη της Κρήτης.
Άκμασε τα Ρωμαϊκά και τα Βυζαντινά χρόνια. Στα πρωτοχριστιανικά χρόνια ήταν έδρα επισκοπής. Ο επίσκοπος της συμμετείχε στην πρώτη Οικουμενική Σύνοδο. Δυστυχώς δεν έχουν γίνει συστηματικές ανασκαφές για να έλθουν στην επιφάνεια κτίσματα της Ρωμαϊκής περιόδου. Σε μεμονωμένες περιπτώσεις έχει ανακαλυφθεί ρωμαϊκό ψηφιδωτό δάπεδο, αγωγοί ύδρευσης κ.ά. Σημαντικότερα μνημεία αποτελούν οι βυζαντινές εκκλησίες. Σημαντικότερη βυζαντινή εκκλησία θεωρείται ο ναός της Αγίας Άννης στο Ανισαράκι. Στην είσοδο της υπάρχει μια εικόνα με την Αγία Άννα να θηλάζει την Παναγία. Αποτελεί σπάνια αγιογραφία και πολλοί τουρίστες κάθε χρόνο την επισκέπτονται. Άλλες βυζαντινές εκκλησίες είναι του Αγίου Γεωργίου, του Αρχαγγέλου Μιχαήλ στα Καβαλαριανά, της Αγίας Αικατερίνης, της Παναγίας στο Ανισαράκι, της Αγίας Κυριακής στα Μπενουδιανά κ.ά.
Κατά την Τουρκοκρατία ήταν έδρα Τούρκου διοικητή. Το διοικητήριό του ήταν στο λόφο, όπου σήμερα βρίσκεται το αστυνομικό τμήμα και το δημοτικό σχολείο. Από εδώ ξεκίνησε η επανάσταση του 1866. Στο Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο καταστράφηκε από τους Γερμανούς, επειδή οι κάτοικοι της αντιστάθηκαν στο χωριό Φλώρια και στο φαράγγι και σκότωσαν 25 Γερμανούς. Μαρμάρινα αντίγραφα των πινακίδων που άφησαν οι Γερμανοί, βρίσκονται στο μνημείο στην πλατεία του χωριού.