Kariye Cami, Doğu Roma İmparatorluğu döneminde büyük bir yapı kompleksi olan Khora Manastırı’nın merkezini oluşturan ve İsa’ya adanmış bir kilise yapısıdır. İstanbul (Konstantinos) surlarının dışında kalması nedeniyle binaya Grekçe kent dışı, kırsal alan anlamana gelen Khora ismi uygun görülmüştür. Kariye bu ismin Türkçeleştirilmiş halidir.
Yapının inşa tarihi kesin olarak tahmin edilememekle birlikte 6’ncı yüzyılda İmparator Justiniaus tarafından (527-565) şehir dışında harabe şeklindeki bir şapelin yerine yeniden inşa ettirildiği bilinmektedir. Kommenoslar Dönemi’nde Blackhernal Sarayı’nın yakınında olduğu için kilise önemli dini merasimlerde saray şapeli olarak kullanılmıştır..
İstanbul’un fethi sırasında hiçbir zarar görmeyen yapı, Sultan II. Beyazıd devrinde Sadrazam Hadım Ali Paşa tarafından 1511 yılında camiye çevrilmiş ve yanına bir de medrese eklenmiştir. Kariye Camisi, Bakanlar Kurulu kararı ile 1945 yılında müzeye dönüştürülmüştür.
2023 yılında ise yeniden camii statüsüne alınarak ibadete açılmıştır.