Niemeyer BV is lange tijd een familiebedrijf geweest, voortvloeiend uit een handel in koloniale waren. Deze handel werd opgericht door Meindert Niemeijer op 25 maart 1819. De handel lag toen net buiten de stad en verkocht producten uit de koloniën, waaronder tabak. De tabakshandel (het Wapen van Rotterdam) werd uitgebreid met de productie van tabak. Op deze manier had het bedrijf zowel de productie en verkoop van kerftabak in eigen huis. Nadat zoon Theodorus Niemeijer op den 27 junij 1848 het bedrijf van zijn vader had overgenomen begon het bedrijf naast haar eigen productie (van het merk 'het wapen van Rotterdam) met het produceren voor andere bedrijven. Hiervan zijn 'de Bijenkorf' en 'de Tabakshandel' enkele voorbeelden. Tevens begon het bedrijf met de productie van koffie en thee.
Tijdens de grote depressie in 1932/1933 stopte het bedrijf met de productie van sigaretten. De fabrieksruimten werden benut voor de productie van koffie en thee.
Het bedrijf overleefde de Tweede Wereldoorlog door het vervaardigen van surrogaatkoffie en theesurrogaat (onder de naam Savora).
Gedurende de twintigste eeuw groeide het bedrijf. Het nam verschillende tabaksfabrikanten in de stad Groningen over, waaronder F. Lieftinck, en betrad ook de internationale markten. Ten gevolge van de grote concurrentie van Douwe Egberts moest het bedrijf in de jaren zestig de koffie- en theeverkoop stopzetten. Het tabaksbedrijf werd overgenomen door British American Tobacco. Niemeijer produceert nog steeds tabak onder het merk Samson.
Bij het 150-jarig bestaan, in 1969, kreeg het bedrijf het predicaat Koninklijk.
Tot 1990 was het bedrijf zelfstandig. In dat jaar ging het bedrijf op in de internationale Rothmans Groep. Vervolgens fuseerde de Rothmans Groep in 1999 met British American Tobacco. De Koninklijke Theodorus Niemeyer BV is thans een onderdeel van het laatstgenoemde concern. In Groningen is nog wel de fabriek gevestigd. In november 2020 werd bekend dat deze fabriek per 2022 gaat sluiten.