Dado que la bahía de Puerto Plata es profunda y bien protegida, es además la más cercana a Santiago de los Caballeros y del Cibao para servir de puerto. Estas condiciones fueron estratégicas para la construcción de la fortaleza que también es conocida como "El Morro de San Felipe".
Su construcción fue encargada por el rey Felipe II de España, y fue completada en 1577 por Rengifo de Angulo, el alcaide del fuerte.
La fortaleza funcionó como prisión en varias ocasiones y allí estuvo el patricio Juan Pablo Duarte en calidad de Preso político por órdenes de Pedro Santana.
Durante la dictadura de Rafael Leónidas Trujillo fueron apresados y llevados a esta dicha cárcel Manolo Tavárez Justo y Leandro Guzmán que fueron los esposos de las hermanas Mirabal trasladándolos hacia allá desde Salcedo para que las señoras se dirijiesen hacia un lugar lejano para visitar a sus esposos con la intención de que fueran víctimas de un fatal accidente junto a su chofer Rufino de la Cruz Disla. El 25 de noviembre del año 1960 se dirigieron hacia Puerto Plata a visitar a sus esposos, luego al regresar a su pueblo Salcedo fueron interceptadas por integrantes del Servicio de Inteligencia Militar (SIM) en la salida de puerto plata donde fueron conducidas hacia una casa campestre donde fueron golpeadas hasta provocarles la muerte, este crimen provocó la caída del régimen y trajo consigo mismo el ajusticiamiento del dictador luego de seis meses, el 30 de mayo del año 1961.