La carrera de Marcelo Bielsa como entrenador comenzó al frente del seleccionado de la Universidad de Buenos Aires, puesto al que renunció en 1982 ante el llamado de Newell's.
Tras un exitoso paso por las inferiores, donde recibió el apodo Loco por su estilo de trabajo y las reformas promovidas, se hizo cargo del primer equipo del club rosarino. Allí conquistó el Campeonato 1990/1991 y el Torneo Clausura 1992. Además de promover futbolistas como Mauricio Pochettino, Fernando Gamboa y Eduardo Berizzo, entre otros.
Atlas y América, de México, fueron sus primeras experiencias como DT en el exterior. Hasta que en 1997 regresó a Argentina para comandar Vélez, donde se consagraría campeón del Torneo Clausura 1998.