เชียงคานที่ล่มสลาย เริ่มต้นใหม่อีกครั้ง ณ ที่ราบเล็ก ๆ บริเวณปากเหือง ฝั่งตรงข้ามกับสกายวอล์ค ซึ่งเป็นที่ตั้งของบ้านใหม่เวินคำ เมืองแก่นท้าว แขวงไชยะบุรีของลาว
เจ้าพระยาบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนีย์) สมุหนายก เมื่อครั้งยังเป็นเจ้าพระยาราชสุภาวดี แม่ทัพใหญ่ในการทำสงครามกับเวียงจันทน์เป็นผู้เลือกที่ราบแห่งนี้เป็นเมืองสำหรับเกลี้ยกล่อม รวบรวมผู้คนที่แตกกระสานซ่านเซ็น โดยมีพระอนุพินาศ และเพียศรีอัคฮาตเป็นผู้นำ
ต่อมาพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้ตั้งที่นี่เป็น “เมืองปากเหือง” โดยมีพระอนุพินาศ เป็นเจ้าเมืองปากเหืองคนแรก มีสถานะเป็นเมืองบริวารที่ขึ้นกับเมืองพิชัย หัวเมืองชั้นตรีในฝ่ายเหนือ
ตัวเลกหรือไพร่ในเมืองปากเหืองส่วนใหญ่ถูกมอบหมายให้เป็นกองส่วยทองคำ มีหน้าที่ร่อนทอง และนำทองคำส่งเป็นส่วยในทุก ๆ ปี โดยราชสำนักกรุงเทพ ฯ จะเรียกเก็บจากกองส่วยทองคำเมืองปากเหืองคนละ 2 สลึง
หลังจากสถานการณ์บ้านเมืองสองฝั่งโขงกลับเข้าสู่ภาวะปกติ ราษฎรจำนวนไม่น้อยได้อพยพเข้ามาตั้งบ้านเรือนบริเวณเมืองปากเหืองมากยิ่งขึ้น แต่ด้วยสภาพภูมิประเทศเป็นที่ราบแคบ ๆ ไม่สามารถรองรับผู้คนจำนวนมากได้ จึงเริ่มมีการอพยพไปตั้งบ้านเรือนอยู่บริเวณริมฝั่งขวาของแม่น้ำโขงในเขตบ้านท่านาจันทน์ หรือตัว อ.เชียงคานของไทยในปัจจุบัน โดยมีวัดศรีคุนเมือง วัดเก่าแก่กลางตัว อ.เชียงคาน เป็นประจักษ์พยานสำคัญของการเป็นศูนย์กลางชุมชนการตั้งรกรากครั้งแรกที่บ้านท่านาจันทร์
เมื่อพระอนุพินาศ เจ้าเมืองปากเหืองคนแรกถึงแก่กรรมในราวปี พ.ศ. 2391 “เพียศรีอัคฮาต” ผู้มีบทบาทสำคัญในการช่วยราชสำนักกรุงเทพ ฯ เกลี้ยกล่อมรวบรวมผู้คนมาอยู่ที่เมืองปากเหืองคู่กับพระอนุพินาศ ก็ขึ้นเป็นเจ้าเมืองแทน โดยได้รับพระราชทานราชทินนามว่า “พระศรีอัคฮาต” ซึ่งราชทินนามนี้จะถูกใช้สำหรับตำแหน่งเจ้าเมืองปากเหือง-เชียงคานคนต่อ ๆ ไป
แม้จะย้ายศูนย์กลางการปกครองจากปากเหืองมาอยู่บริเวณบ้านท่านาจันทน์ แต่ทว่าในเอกสารราชการของราชสำนักกรุงเทพ ฯ ยังคงเรียกชื่อที่นี่ว่า “เมืองปากเหือง”
“เมืองใหม่เชียงคาน” น่าจะเป็นชื่อแรก ๆ ที่กลุ่มเจ้าเมือง กรมการเมือง และราษฎรใช้เรียกบ้านท่านาจันทน์หลังย้ายศูนย์กลางการปกครองเมืองมาอยู่ที่นี่ โดยพบหลักฐานจารึกอยู่ที่ฐานพระพุทธรูปสำริดยืน ปางห้ามสมุทร ศิลปะล้านช้าง ภายในวัดมหาธาตุกลางเมืองเชียงคาน มีข้อความว่า
“ศักราช 2397 ตัว ปีรับมด เดือน 4 ขึ้น 2 ค่ำ วันพฤหัสบดี รจนาแล้วยาม…แลง เพียศรีอัครราชกับทั้งภริยาบุตรธิดามีศรัทธาสร้างพุทธรูปองค์นี้ โชตนาในศรีอาราม เมืองใหม่เชียงคาน ไว้”
พระศรีอัคฮาตปกครองเมืองเชียงคานอยู่เพียงไม่กี่ปีก็ถึงแก่กรรม “ขุนสัศดี” ซึ่งเป็นหลานก็ขึ้นเป็นพระศรีอัคฮาต เจ้าเมืองปากเหืองคนใหม่ ในปี พ.ศ. 2397 ตรงกับสมัย ร. 4
พระศรีอรรคฮาต (ขุนสัศดี) ปกครองเมืองปากเหืองจนถึงปี พ.ศ.2409 กระทั่งตามืดบอดทั้งสองข้าง ไม่สามารถว่าราชการบ้านเมืองต่อไปได้ ร. 4 จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ แต่งตั้งราชวงศ์สีทา ขึ้นเป็นพระศรีอัคฮาต เจ้าเมืองปากเหืองคนใหม่แทน ต่อมาพระศรีอรรคฮาต (สีทา) ได้ขอลาออกจากตำแหน่งเจ้าเมืองปากเหืองในปี พ.ศ.2425 เนื่องด้วยสาเหตุความชรา
พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดเกล้า ฯ ให้อุปฮาด (ทองดี) ผู้เป็นบุตรชาย ขึ้นเป็นพระศรีอรรคฮาต เจ้าเมืองปากเหืองแทนในวันที่ 22 ตุลาคม 2425 ด้วยวัยราว 39 ปี พร้อมกับภาระกิจสำคัญในการช่วยกองทัพสยามปราบกลุ่มฮ่อในหลวงพระบาง และเมืองต่าง ๆ ในลาวตอนเหนือ
หลังสงครามปราบฮ่อได้ผ่านพ้นไป ดูเหมือนเชียงคานกำลังจะกลับมารุ่งเรืองอีกครั้งเหมือนเช่นอดีต
แต่ความสงบดำเนินอยู่ได้เพียงไม่นานเท่าใด เชียงคานก็ต้องเผชิญกับการเข้ามาของเจ้าอาณานิคมอย่างฝรั่งเศส ที่จะทำให้เมืองเชียงคานทั้งสองฝั่งโขงต้องพบกับความเปลี่ยนแปลงไปตลอดกาล