Mega Man X Command Mission : es un videojuego de la serie Mega Man X. Se trata del RPG (juego de rol) de esta saga. Fue publicado para PlayStation 2 y Nintendo GameCube. La historia se desarrolla en el año 22XX Epsilón, el comandante de la rebelión, pretende hacerse con el poder haciendo uso de los ForceMetal (metales raros hallados en los meteoritos que fortalecen a los reploides).
Para detener a los rebeldes X y Zero son enviados a la zona de acción por el comandante Redips, con las órdenes expresas de detener a Epsilon y tomar los ForceMetal que ahora tiene en su poder para evitar la catástrofe.
X, Zero y su compañero de turno, Shadow, se dirigen hacia Giga City para detener a la rebelión pero en medio de la misión son traicionados por Shadow quien en realidad pertenecía al equipo de Epsilon, son emboscados y Zero queda inconsciente mientras X sin mayor alternativa salta desde el edificio y al caer también pierde la conciencia.
Cuando X despierta se encuentra en la base de "La Resistencia", el grupo de reploides que intenta batallar contra los rebeldes, ellos lo curan y él decide unirse a su pequeña armada y terminar con la misión principal.
En la base de La Resistencia X conoce al líder, el jefe R.
Así empieza su combate contra los Mavericks de Epsilon y va conociendo a sus nuevos aliados, re-encuentra a sus dos viejos amigos, Axl y Zero, finalmente el equipo quedará conformado por 7 personajes.
El juego esta conformado por 10 capitulos y conociendo nuevos personajes, y con la jugabilidad de un RPG.
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