L'attuale superficie costituisce la parte residua di un complesso boscato, un tempo più vasto, originatosi in epoca successiva al 1000 per opera degli apporti dei vari rami del Po, ad Est dell'Abbazia di Pomposa.
Notizie certe di questo territorio, denominato Mesola, si hanno nel 1490 con l'atto di acquisto da parte dei duchi d'Este.
La foresta, originatasi sembra naturalmente, rimase di proprietà della Casa d'Este sino al 1758 e successivamente dello Stato Pontificio e di altri proprietari.
Nel 1954, essendo minacciata di distruzione, fu acquistata dall'Azienda di Stato per le Foreste Demaniali ed attualmente viene gestita dal Ministero dell'Agricoltura e Foreste.
Nel 1971 è stata istituita la Riserva Naturale Integrale "Bassa dei Frassini Balanzetta" (220 ettari) e nel 1977 la rimanente parte è divenuta Riserva Naturale.