Il complesso monumentale comprende la Basilica, una delle più grandi della cristianità, ed il Monastero. Le navate laterali sono scandite dalle cappelle, impreziosite da pale d'altare di artisti del Seicento, fra i quali Luca Giordano e Palma il Giovane. Sulla navata di destra, dietro l'Arca di San Mattia, si trova il cinquecentesco Pozzo dei Martiri, che raccoglie le reliquie dei martiri padovani. Poco oltre si trova il Sacello di San Prosdocimo, residuo del complesso primitivo. Assai interessanti sono ancora la Cappella di San Massimo, con il gruppo marmoreo della Pietà, di Filippo Parodi, e la trecentesca Cappella di San Luca.
La basilica ospita le spoglie di diversi santi : oltre alla Santa Giustina, qui riposano anche San Prosdocimo, San Massimo, Sant'Urio, Santa Felicita, San Giuliano, e le reliquie di San Mattia apostolo e San Luca evangelista.