Główny kontakt przewodu pokarmowego noworodka z bakteriami ma miejsce w momencie porodu. Już kilka godzin po narodzinach jelita dziecka zasiedlają pierwsze szczepy bakterii (głównie beztlenowych), które towarzyszyć mu będą przez całe życie, tworząc tzw. mikroflorę autochtoniczną. Dalsza kolonizacja jest szczególnie intensywna w pierwszych dwóch latach życia, kiedy mikroflora jelitowa dziecka zaczyna przypominać swym składem jakościowym i ilościowym ekosystem jelitowy człowieka dorosłego, choć pełną dojrzałość ekosystem ten osiąga około piątego roku życia.