Nació en Waterford City, Irlanda, hija de William Organ y Mary Ahern: era la menor de cuatro hermanos. Mientras se bautizaba Ellen, siempre la llamaron Nellie.
Su madre, Mary, enfermó y durante más de un año luchó para criar a su familia mientras su salud empeoraba. En enero de 1907 murió de tuberculosis.
Nellie Organ y su hermana Mary fueron enviadas primero a un hospital administrado por las Hermanas de la Misericordia; se descubrió que las dos niñas padecían tos ferina. Luego fueron a la Escuela Industrial de Saint Finbarr en Sunday's Well en la ciudad de Cork, administrada por las Hermanas del Buen Pastor. Vivió durante ocho meses bajo el cuidado de las Hermanas del Buen Pastor. Pasó la mayor parte de su tiempo en la enfermería.
Le encantaba visitar la capilla a la que llamaba la Casa de Dios Santo, y estaba fascinada por las estatuas e imágenes expuestas, y en particular por las Estaciones de la Cruz. Cuando le contaron la historia del sufrimiento y la muerte de Jesús, se echó a llorar. Se afirma que desarrolló una misteriosa conciencia del Santísimo Sacramento. Una historia relata cómo supo que un miembro del personal no había ido a Misa ese día, a pesar de que la joven dijo que sí. No conseguiste Santo Dios hoy dijo la niña. Este episodio y otros similares llevaron a algunos católicos a creer que ella tenía lo que se conoce como el don místico de "discernimiento".
Ella pronto comenzó a pedir recibir la Sagrada Comunión. Al principio, las hermanas dudaron: ella era demasiado joven para ese sacramento. Preguntándose si entendía lo que era la Eucaristía, la observaron en oración en la capilla y vieron que estaba cautivada por el sagrario, al que solía referirse como el calabozo.
De acuerdo con las reglas de la Iglesia Católica Romana, ningún niño podía recibir la Comunión antes de cierta edad. Se pensaba que un niño de cuatro años era al menos seis años demasiado joven. Las hermanas hablaron con un sacerdote jesuita que atendía a la comunidad y, aunque dudaba, decidió venir a hablar con el niño. Después de pasar un tiempo con ella, llegó a la conclusión de que había llegado a la edad de la razón , aunque a una edad extraordinariamente joven. Llevó el asunto a la atención del obispo quien, después de pensarlo por un momento, consintió, y Nellie Organ hizo su Primera Comunión el 6 de diciembre de 1907.
La historia de vida de Nellie Organ hizo que se la conociera como "Little Nellie of Holy God" y su fama se extendió por toda Irlanda y más allá, llegando incluso al Papa Pío X en Roma . La ​​vida de ella resultaría providencial para él. Había estado considerando rebajar la edad para la recepción de la Eucaristía . Cuando oyó hablar de Nellie, lo tomó como una señal y emitió su decreto Quam singulari , admitiendo a los niños a la Comunión a la edad de siete años.
Después de unos cuatro años de vida, Ellen Organ murió el 2 de febrero de 1908. Los testigos dijeron que pareció ver algo al pie de su cama que la hizo sonreír y sus ojos se llenaron de lágrimas. Siguió ese algo con los ojos, mirando hacia arriba, cuando murió.