建廟時間為乾隆二年（1737年）即動工興建[1][2][3]。屏東舊名「阿猴」，廟又名「阿猴媽祖廟」，此廟的媽祖也稱為「阿猴媽祖」。
乾隆十一年（1746年）信眾漸增，鄉紳鄭麟鼎發起諸捐輸，擴建木造宮宇於現址，設於台灣府鳳山縣阿猴社阿猴街，即今之屏東市崇禮里中山路39號。原稱「舊媽祖宮」。道光五年（1825年），郭先柱倡議改建，以「慈心濟世、鳳德化民」之懿旨，改名為「慈鳳宮」。1919年，戴連宗、蘇雲英、林英良等信眾再行修繕，並推戴連宗為管理人。1944年秋、1945年夏，在盟軍空襲時廟身倖免於難。1958年，成立首屆管理委員會，由唐榮任第一屆主任委員。1960年時另組修建委員舍，完成第一期前殿重修工程。1963年屏東市李朝欽醫生任第二屆主任委員，並完成第二期中殿及兩旁廟室興建。
慈鳳宮乾隆四十八年古碑
慈鳳宮內仍然保存七方石碑，最早溯及乾隆年間，有的是嚴禁貪官、記載當年信眾捐輸與名冊。乾隆十六年（1751年）所立的的慈鳳宮橋碑則供奉於後殿。還有石碑是官方設立公轎保護旅客，以免轎夫敲詐，但公轎一擺便被轎夫們燒掉。
1983年大火，燒毀慈鳳宮前、後殿，許多歷史文物都付之一炬，只留下石鼓、石柱及石碑等文物。火災原因是該年12月3日半夜電線老舊短路，除石柱外，二百多年歷史開基鎮殿媽祖神像也完好無損，歷經十九年集資整修，耗資數億餘元，於2002年重建完成。在當時火災前，木工陳金木多次到廟內靠以腳步丈量，在1978年用柚木雕刻慈鳳宮模型，包括中庭九龍噴水池、牌匾，得以作為當時見證。
2009年，建於1737年的慈鳳宮與建於1780年的屏東聖帝廟，其管委會合併成同個財團法人。