Um fato importante marcou a sua infância: o voto de castidade, feito aos doze anos, influenciado pela leitura da vida de São Francisco de Sales.
Em 1860, foi matriculado no Colégio do renomado Padre Inácio de Sousa Rolim, em Cajazeiras na Paraíba. Aí pouco demorou, pois, a inesperada morte de seu pai, vítima de cólera, em 1862, o obrigou a interromper os estudos e voltar para junto da mãe e das irmãs solteiras. A morte do pai, que era pequeno comerciante no Crato, trouxe sérias dificuldades financeiras à família, de tal sorte que, mais tarde, em 1865, quando Cícero Romão Batista precisou ingressar no Seminário da Prainha, em Fortaleza, só o fez graças à ajuda de seu padrinho de crisma, o coronel Antônio Luís Alves Pequeno.