Die Wallfahrt auf den Heiligen Berg Andechs ist die älteste nachweisbare (seit 1128 zur Zeit der Grafen von Andechs) in Bayern. Ursprünglich war Andechs Christuswallfahrtsort zu den Heiligen Drei Hostien und den Herrenreliquien (u.a. Teil der Dornenkrone und Teil des Spotzepters Christi). Die drei in Bergkristall eingelegten Hostien gehen auf Papst Leo IX und Papst Gregor den Großen zurück. Auf den konsekrierten Hostien erschienen folgende blutenden Zeichen: Ein Fingerglied, ein Kreuz und die Inschrift IHS. Diese Dreihostienmonstranz bildet den Mittelpunkt des Andechser Reliquienschatzes. Der Charakter der Wallfahrt hat sich aber im Laufe der Zeit hin zur Marienwallfahrt gewandelt, so ist Andechs heute neben Altötting der zweitgrößte Wallfahrtsort Bayerns. Die spätgotische, dreischiffige Hallenkirche St. Nikolaus und St. Elisabeth wurde 2005 zum 550jährigen Klosterjubiläum (Gründung 1455) generalsaniert.
Die heutige Wallfahrtskirche entstand zwischen 1420 und 1430 als dreischiffige, vierjochige Halle mit Chorumgang, die trotz der späteren Umgestaltungen noch gut zu erkennen ist. Während des Dreißigjährigen Krieges richteten schwedische Truppen 1632 einigen Schaden an. Am 3. Mai 1669 schlug ein Blitz in die Kirche ein, die völlig ausbrannte. Der Wiederaufbau im Stil der Gotik war erst 1675 abgeschlossen. 1712 wurden die Fenster barockisiert. Zum 300jährigen Jubiläum von Kirche und Kloster (1755) beschloss der Konvent die Neuausstattung in modernen Rokokoformen. Johann Baptist Zimmermann, Ignaz Merani und Lorenz Sappel beseitigten ab 1751 das vordere Pfeilerpaar und schufen den prachtvollen Rokokosaal mit seinen farbenfrohen Fresken. An den Stuckarbeiten war Johann Georg Üblhör beteiligt. An Stelle der Rippengewölbe überspannen Flachkuppeln den Raum, dessen mittelalterlicher Ursprung dennoch deutlich wird. Der Abbruch der beiden Ostpfeiler schuf Raum für das große Chorfresko über dem Hochaltar. Die vier Deckenfresken Johann Baptist Zimmermanns im Hauptschiff zeigen den „Andechser Heiligenhimmel" (Chorfresko), die Himmelfahrt Christi, den Teich Bethsaida und das „Himmlische Konzert der neun Chöre der Engel" über der Orgelempore. Die Stuckaturen Zimmermanns und Üblhörs werden zu den besten Leistungen des süddeutschen Rokoko gezählt. Als Hauptdekoration wurden blühende Zweige ausgearbeitet. Der Formenschatz lässt viele Ähnlichkeiten zur Wieskirche erkennen, die Zimmermann kurz vorher zusammen mit seinem Bruder Dominikus stuckiert hatte.
Der oktogonale Turmaufsatz mit seiner Zwiebelkuppel und der Laterne stammt aus dem Jahr 1675. Der Zeitabstand zwischen dem Guss der einzelnen Glocken ist teilweise sehr groß. 1942 mussten alle Andechser Glocken bis auf die über 270 Jahre alte Heiligkreuzglocke zu Kriegszwecken abgeliefert werden. Sie wurde 1669 vom Münchner Glockengießer Bernhard Ernst gegossen und klingt im Ton es'. Bei Kriegsende waren die Andechser Glocken auf dem Hamburger Glockenfriedhof leider nicht mehr vorhanden. Nach Ende des Zweiten Weltkriegs begann man daher mit der Planung zur Wiederherstellung des ursprünglichen Geläutes. 1949 wurde die über 4 Tonnen schwere Marienglocke gegossen, die im Ton as° klingt. Nach dieser wunderbaren Glocke habe ich mich auch benannt! Knapp eine Tonne wiegt die Josefsglocke, die 1952 folgte und im Ton f' klingt. 1975 wurde die Hedwigsglocke gegossen, sie wiegt über zwei Tonnen und klingt auf c'. Schon Ende der vierziger Jahre des letzten Jahrhunderts gab es Pläne, neben einer vierten auch noch eine fünfte Glocke für die Andechser Wallfahrtskirche zu gießen. Mit der großzügigen Stiftung der Ottmaringer Wallfahrer konnte 2007 auch der Guss der fünften Glocke umgesetzt werden. Sie klingt auf as' und wiegt 650 kg. Die Gesamtdisposition klingt im Salve Regina mit Grundtonoktave:
Glocke I (Hl. Maria, as°, 4250 kg): Karl Czudnochowsky 1949, Euphon
Glocke II (Hl. Hedwig, c', 2100 kg): Engelbert Gebhard 1975
Glocke III (Hl. Kreuz, es', 1350 kg): Bernhard Ernst 1669
Glocke IV (Hl. Josef, f', 830 kg): Karl Czudnochowsky 1952, Euphon
Glocke V (Hll. Engel, as', 620 kg): Rudolf Perner 2007