La historia de Rabat comenzó con un asentamiento conocido como Chellah en la ribera del Bu Regreg,4​ en el siglo III a. C. En el 40 d. C., los romanos se hicieron cargo de Chellah y la convirtieron en el asentamiento romano de Sala Colonia. Roma conservó la colonia hasta el 250 d. C., cuando la abandonó a los gobernantes bereberes, quienes desempeñaron un papel importante en al-Ándalus.
El núcleo original de la ciudad fue el campamento fortificado o ribat construido por el sultán almohade Abd Al-Mumin en 1146, aprovechando una alta pared rocosa que domina la desembocadura del río. El lugar fue base para incursiones almohades en la península ibérica y fue bautizado como Ribat al-Fath, traducido como «Campamento de la Victoria» o «Fortaleza de la Victoria».
En 1195 su nieto Yaqub al-Mansur proyectó la construcción de una gran ciudad que se extendía sobre más de cuatrocientas hectáreas, rodeada de imponentes murallas y fortificaciones con cinco grandes puertas. En ella debía erigirse una gran mezquita con cuatrocientas columnas para superar a la Giralda de Sevilla y a la Kutubia de Marrakech, pero las obras fueron detenidas tras su muerte en 1199.​ De ella sólo ha sobrevivido la Torre Hasan de 44 metros, veinte menos que el proyecto original.​ Tras su muerte la ciudad fue prácticamente abandonada y en 1260 el rey español Alfonso X conquistó e incendió la ciudad.​ La ciudad no llegó a albergar el número de habitantes para la que fue construida, y desde el fin del imperio almohade, a finales del siglo XIII, hasta el siglo XVII su importancia decreció considerablemente. Contribuyó a esta decadencia la conquista benimerina de la zona, quienes eligieron a Fez como su capital. De este periodo data la necrópolis de Chellah, situada extramuros de la ciudad.
No fue hasta 1610 cuando la ciudad y la vecina Salé se revitalizaron tras la instalación de numerosos refugiados moriscos expulsados de España. En la fortaleza de los Udaia, la parte más antigua de la ciudad, se instaló la mayor parte de los tres mil habitantes del pueblo extremeño de Hornachos, que se mantuvieron unidos tras la expulsión y acabaron obteniendo del sultán Mulay Zaydan el encargo de reconstruir y custodiar la vieja alcazaba. En los años siguientes desarrollaron una nutrida y eficaz flota de barcos y en 1627, aprovechando las luchas internas de los poderes marroquíes, y con el apoyo de Sidi Ayachi, gobernador de Salé, proclamaron su independencia política fundando la República de las Dos Orillas en Rabat (conocida en Europa como «Salé la Nueva») y Salé, dedicada fundamentalmente a la actividad corsaria contra barcos cristianos. Terminó en 1666, al ser tomado el estuario por los alauíes, dinastía que gobernaría Marruecos en lo sucesivo. Salé mantuvo la actividad corsaria hasta 1829.
Con el establecimiento del protectorado de Marruecos, la ciudad quedó bajo el control administrativo francés. En 1912 el mariscal Lyautey eligió Rabat como capital administrativa del Protectorado francés de Marruecos y en 1956, tras la independencia de Marruecos, la ciudad se convirtió en la capital del país.
Después de la Segunda Guerra Mundial, los Estados Unidos obtuvieron presencia militar en Rabat tomando la antigua base aérea francesa. A principios de la década de 1950, la base aérea Rabat-Salé era una instalación de la Fuerza Aérea de los Estados Unidos (USAF) que albergaba a la 17.ª fuerza aérea y a la 5.ª división aérea, que supervisó la llegada a la base del B-47 Stratojet de la SAC (Strategic Air Command). Con la desestabilización del gobierno francés en Marruecos y la independencia del país en 1956, el gobierno de Mohammed V quiso que los Estados Unidos retiraran las bases de la SAC de Marruecos, insistiendo en dicha acción después de la intervención estadounidense en el Líbano en 1958. Los Estados Unidos acordaron abandonar el país en diciembre de 1959, un proceso que se completó en 1963. El SAC sintió que las bases marroquíes eran mucho menos críticas debido a la capacidad del largo alcance de los Boeing B-52 Stratofortress, que reemplazaban a los B-47, y por la finalización de las instalaciones de la USAF en España en 1959. Con la retirada de la USAF de Rabat-Salé, el complejo se convirtió en la instalación principal de la Real Fuerza Aérea Marroquí, conocida como la Base Aérea n.º 1, cuyo estatus aún continúa.