Ubicada en la parte central de la península de Baja California, es el Área Natural Protegida más extensa de México y una de las más grandes de Latinoamérica, en la que existen ecosistemas de valor excepcional, entre manglares, humedales, pantanos, dunas y hábitats del desierto.
Patrimonio Mundial de la Humanidad de la UNESCO desde el año 2000, sus lagunas costeras, Ojo de Liebre y San Ignacio, contienen uno de los santuarios más importantes para la reproducción e hibernación de las ballenas gris y azul, el lobo y el león marino, el elefante de mar del norte, así como de cuatro especies de tortuga en peligro de extinción.
La protección de este refugio ha sido de suma importancia en la notable recuperación de la ballena gris para evitar su desaparición como consecuencia de la caza comercial. Son muchos los factores ambientales -profundidad, temperatura, nutrientes y salinidad- que, a la fecha, contribuyen a sus óptimas condiciones de apareamiento, reproducción y parto.
Es también un sitio hemisférico de aves playeras que, durante la temporada invernal, recibe más de medio millón de ejemplares. Sus manglares son viveros de alta productividad para diversos peces e invertebrados, además de ser un impresionante paisaje natural. También representa un importante sumidero de carbono, ya que sus algas y bacterias halófilas producen grandes cantidades de oxígeno que limpian el aire de los excesos químicos causados por la sobreexplotación de combustibles fósiles.