Il capitano Lucia Brancato e la sua squadra stanno ancora indagando sull'identità dell'angelo della morte. La sospettata principale è l'infermiera Milena Spano, che nel frattempo ha intrapreso una relazione con Dossena. Quest'ultimo è fortemente turbato dal fatto che i suoi colleghi credano alla colpevolezza della donna. Lucia ribadisce però all'agente che si tratta solamente di un sospetto derivante dal ritrovamento di un indizio nell'armadietto dell'infermiera (delle scarpe con tracce di bicarbonato di sodio). Nel frattempo Flavia, Milo e Sasso ricevono la segnalazione di scomparsa di un'atleta da parte del suo allenatore. Questi sostiene che la ragazza si stava preparando per una gara. Mentre Sasso setaccia con i cani l'intero bosco alla ricerca di qualche indizio, Flavia ed Emiliano cercano di seguire il percorso svolto dalla sportiva e rinvengono alcune impronte. Nel frattempo Ghiro cerca di rassicurare Dossena e chiede al collega di fargli avere le impronte di Milena per poterle confrontare con quelle in loro possesso. Il giorno dopo Dossena e Milena si dirigono al bar e il ragazzo raccoglie il bicchiere lasciato dall'infermiera. L'impronta presente sul vetro corrisponde ad una delle due trovate nei sotterranei del Policlinico. Con l'aiuto del Capitano Brancato, Flavia nota una tenda nel bosco. All'interno si trova un ragazzo che vi si è stabilito da un paio di mesi, il quale ammette di aver visto la ragazza correre in zona, ma non quella mattina. Mentre Cecchi trova un capello biondo sul giaciglio presente nella tenda, al R.I.S. vengono repertate le modalità di corsa e i battiti cardiaci della ragazza. A Flavia e Milo sembra strano che in un'ora l'atleta abbia percorso solamente tre chilometri. Inoltre i due scoprono che la ragazza si è fermata nello stesso punto per circa mezzora. Lucia decide di tenere nascosti i sospetti su Milena Spano, confermando alla stampa che l'angelo della morte era colui che ha ucciso l'infermiera. Questa scelta, però, fa in modo che la Territoriale non si concentri più sulla caccia all'angelo della morte, e che le telecamere del Policlinico vengano rimosse. Dossena si accorge che in quel momento il Policlinico è deserto e Milena potrebbe colpire. Mentre Ghiro e Dossena si dirigono all'ospedale, Lucia ipotizza che la prossima vittima possa essere Liliana "Lili" Paravidino, alla quale Milena deve somministrare un trattamento per guarirla definitivamente da una malattia alla pelle. Intanto, gli agenti scoprono che l'atleta si è fermata proprio dal ragazzo della tenda, il quale confessa anche di aver avuto un rapporto sessuale con lei. Inoltre la ragazza lo aveva avvisato che sarebbe partita, e quindi non si aspettava di incontrarla nella tenda quella mattina. Gli agenti però non pensano che sia stato lui a ucciderla, perché non ha un fisico tale da poterla sopraffare. In un punto del tragitto, le impronte della ragazza scomparsa sono sparite: sono quelle del suo allenatore, chs ammette di aver avuto una storia con Ludovica; tuttavia egli ultimamente non aveva bei rapporti con la ragazza, che era riuscita a scappare dallo stesso allenatore, tornato quindi indietro. Flavia ha l'idea, a cui aveva già pensato precedentemente Cecchi, di controllare le telecamere funzionanti solamente di notte dell'Università contro i Cacciatori: qualcosa potrebbe vedersi, siccome era mattino presto. Le telecamere riprendono quello che sembra essere un cucciolo di capriolo cadere, rimanere intrappolato. Milo realizza, così, che l'animale è proprio Ludovica, in quanto poco dopo arriva un uomo che la porta via. Flavia nota che mancano i colori, cioè la consistenza, alla gamba sinistra dell'uomo, che perciò e zoppo: l'unico che può essere stato è, perciò, il giardiniere, che, vedendo i Carabinieri a casa sua, li ha inviati dall'altra parte del bosco per poter sistemare quella dell'attentato. Dopo qualche ripensamento, ammette di aver trasportato Ludovica in una grotta. Riusciranno i R.I.S. a salvarla? Intanto, Milena sta entrando nella stanza di Lili con una siringa, proprio mentre Daniele e Ghiro entrano nel Policlinico. Si sente un grido e, contrariamente a quanto credevamo, quando Bart entra nella stanza, rimane distrutto dalla cosa che gli rimane davanti al volto: Milena morta dissanguata, con la siringa accanto, e con Lili che piange terrorizzata per quello che ha fatto, anche se per legittima difesa. Intanto, tornato al R.I.S. (dove tutti tentano di consolare Bart), Daniele cerca l'ultimo indizio, che per sembra sviare l'ipotesi dei R.I.S.: infatti, l'altezza dei due corpi di Milena e Lili non è corrisposto in modo che potesse succedere quel che Lili sostiene. Intanto, all'autopsia di Milena, Carnacina dice a Lucia che la forbice che Liliana dice di aver utilizzato per autodifesa, è stata infilata dall'alto verso il basto, perciò volontariamente.