El docente sanmarquino José Ñique de la Puente destacó aspectos de la fundación de San Marcos como que la firma de la Real Cédula por el rey Carlos I de España y V de Alemania, por recomendación de su madre la reina doña Juana, se haya realizado a las 12 del día, en ceremonia solemne en el Palacio Real prestado por Francisco de los Cobos, ubicado en la Plaza de San Pablo.
Con ese acto -dijo- culminó la idea de los padres dominicos que comenzó en el cusco en 1548, de fundar estudios generales para los hijos de los peninsulares, iniciativa que promovió la comunicación entre los frailes Francisco Antonio de Arcos, Tomás de San Martín y Francisco de Vitoria, este último de la Universidad de Salamanca.
Poniéndose manos a la obra, se envió a una comitiva conformada por fray Tomás y el capitán Jerónimo de Aliaga primero a Lima y luego a Valladolid, España, donde estaba el reino castellano.
El doctor Ñique de la Puente también se refirió a la primera reforma universitaria en 1571, cuando los laicos le quitaron el control de San Marcos a los dominicos; así como cuando el 25 de julio de 1571 la Bula Papal de Pio V otorga a San Marcos la dignidad de universidad real y pontificia de América; y el sorteo mediante el cual ostenta el nombre del apóstol Marcos, entre otros detalles históricos de la universidad creada con el nombre de Universidad de Lima.