บ่อพักน้ไมักจะเกิดตะไคร่ขึ้นบ่อยๆ โดยเฉพาะช่วงหน้าร้อน แสงแดดและอุณหภูมิที่เหมาะสม ทำให้เกิดตะไคร่น้ำ ถ้าเป็นบ่อปลาถือว่าเป็นสื่งที่ไม่พึงประสงค์ให้เกิดขึ้น ตะไคร่น้ำถ้ามีมากเกินก็ก่อให้เกิดอันตรายได้เพราะเป็นแหล่งสะสมเชื้อโรค เชื้อราและเเบคทีเรีย