В 1990 г. после смерти Патриарха Пимена (Извекова) влиятельный, почти всесильный архиерей митрополит Киевский и Галицкий Филарет (Денисенко) был не только одним из претендентов на избрание новым Патриархом. Он был уже избран Патриаршим Местоблюстителем и с 4 мая по 6 июня 1990 г. фактически исполнял обязанности Патриарха и возглавлял работу по созыву Поместного Собора. Но Патриархом Филарет не стал. Летом 1991 г. он еще принимал новоизбранного Патриарха Алексия II в Киеве, призывал бороться с раскольниками-автокефалистами (с теми из украинских националистов, которые требовали независимой церкви для независимой Украины). Еще весной 1992 г. он участвовал в Архиерейском Соборе и убеждал архиереев дать Украинской Церкви каноническую самостоятельность, хотя уже с 1990 г. украинское церковное управление обладало самой широкой автономией во всех внутренних церковных делах. Филарету было мало даже широкой автономии. Не став Патриархом Московским, он стремился к патриаршеству хотя бы в пределах Украины, в чем митрополита Киевского весьма поддерживал в то время президент Леонид Кравчук, а еще более поддерживали националисты-радикалы из Верховной Рады.
Положение Филарета осложняли СМИ. В "Огоньке" Александр Нежный опубликовал в 1991 г. две статьи о Филарете. Журналист обвинил митрополита Киевского в жестоком обращении с духовенством (епископа Ионафана, одного из украинских архиереев, от Филарета прятали монахи чуть ни в подвале - боялись за жизнь епископа), в нарушении монашеских обетов, выразившемся в многолетнем сожительстве с некоей Евгенией Петровной и их с Филаретом детьми (!). Обвиняли Филарета и в многочисленных финансовых злоупотреблениях, присвоении церковных денежных средств, во взяточничестве. Ситуация для Филарета складывалась критическая.
Однако самое непредвиденное и печальное для Филарета произошло на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в марте 1992 г. Большинство украинских архиереев по вопросу о независимости Украинской Церкви поддержало не его, а архиереев российских. Общий голос украинских епископов был таков: наша паства нас не поймет и отвергнет, если, вернувшись с Собора, мы сообщим ей, что теперь являемся не частью Русской Православной Церкви, а самостоятельной юрисдикцией. Дело обернулось для Филарета всеобщим порицанием и требованием уйти на покой и обеспечить проведение выборов нового Предстоятеля Украинской Православной Церкви Московского Патриархата. Приняв смиренный вид, митрополит Филарет заявил, что если для достижения церковного мира на Украине "требуется Иона", он готов "стать таким Ионою". Филарет имел в виду образ ветхозаветного пророка Ионы, которого Господь наказал за непослушание Его воле угрозой кораблекрушения, и спутники пророка решили выбросить Иону за борт, чтобы тем самым отвести от себя гнев Божий и не быть потопленными в морской пучине. Выброшенный ради спасения судна и путешественников пророк Иона оказался во чреве морского чудовища… Архиереи в большинстве своем оценили витийство митрополита Киевского, решились ему поверить и предложили дать крестоцеловальную клятву, что он уйдет на покой после избрания своего преемника, хотя некоторые призывали Патриарха Алексия II: "Не верьте Филарету, он все равно обманет!".
И Филарет обманул. Вернувшись в Киев, он 7 апреля 1992 г., в праздник Благовещения, во Владимирском кафедральном соборе заявил, что Собор в Москве был для него Голгофой, где его распинали, и претерпел он все это ради независимости Украинской Церкви. Потрясенный Патриарх Алексий II обратился к Филарету с телеграммой-запросом: правда ли то, что мы узнаем о ваших словах? Филарет ответил - и это был его последний ответ Патриарху Московскому - в том смысле, что это не его, Патриарха Московского, дело, все происходящее на Украине в церковных делах относится к исключительному ведению самого Филарета и никого больше. Это был раскол.