Мухаммед 810-жылы Бухарада төрөлдү. Атасы Исмаил өтө такыбаа, диндар киши эле. Ал Бухари жаш кезинде эле көз жумду. Бухара шаарында аалымдар көп болчу. Исмаил дагы илимдүү аалымдардан болгондуктан, китептери көп эле. Китептер уулуна калды. Апасы да диндар аял эле. Бухарий алгачкы сабактарын Бухарадан алды. Ал 15 жашка чыга элек туруп 70 000 хадисти жатка жаттап алат. Илимде ушунчалык тереңдеген Бухарий ошол кездеги чоң аалымдар менен илимий тартышууга кире турган даражага жетет. Фикх илиминде да өтө күчтүү адис катары жетишет. 16 жашка келгенде Апасы жана бир тууганы менен Хажга жолго чыгышты. Узун жана оор сапардан кийин Меккеге барышат. Меккеде ажылык милдетин аткарган соң Бухарий апасынын жанына барат. Көзүндө жаш жүрөгүндө болсо чоң мүдөө. Апасына карап мындай дейт: “Апаке! Сураныч, мени алып кетпе, мени бул жака таштап кет. Илимимди бул жакта улантайын.” Чынында Бухариден башка жесир апасына жана инисине карай турган эч ким жок эле. Апасы уулунан алыстоону канчалык каалабаса да, келечек үчүн, дин үчүн “Макул балам!”-дейт. Натыйжада апасы менен иниси Бухарага кайтып кетишет. Ошол бойдон апа бала эч качан бири-бирин көргөн эмес. Көрсө улуу, чоң максаттар үчүн жанга жакын болгон нерселер курмандыка чалынышы керек.
Имам Бухарий болсо Меккеде калып илим ала баштайт.
Бир күнү мугалими Исаб бин Равиййанын: “Кана эми бирөө чыгып Пайгамбарыбыз САВдын сөздөрүн, сүннөтүн бүт баары түшүнө турган кылып, жөнөкөй кылып жазса”-деген сөздөрүн угуп калат. Ал кезде 16 жашта болчу. Ошол күндөн баштап бул улуу милдетке мен кызматчы болоюн деп ниет кыла баштайт. Ушул китепти жазып мен атак даңктын, абройдун ээси болоюн деген ниетте эмес, тескерисинче бул иштин аткарылышына мен себепчи болоюн дейт. Кантсем ошол эмгектин жазылышына себепчи болом-деген ой менен түнү күнү алек болот. Ошентип жүрүп бир күнү түшүндө Пайгамбарыбыз САВды көрөт. Чынында адам күндүзү эмнени көп ойлонсо, эмне менен көп алек болсо түндөсү ошол нерсе түшүнө кирет. Түш бул-күндүзгү жашооуздун күзгүсү. Түшүндө Пайгамбарыбыз САВ чөлдө олтурган эле. Имам Бухарий болсо кол чатыр менен Пайгамбарыбыз САВга көлөкө кылып турду. Анын бул кылганына Пайгамбарыбыз САВ ыраазы болуп турду. Бул түштү устазына айтат. Устазы болсо: “Демек Пайгамбарыбыз САВдын сөздөрүн, сүннөтүн чогултуу кызматы сага ыйгарылды”-деп жоруйт. Ошол күднөн баштап Имам Бухарий китебин жаза баштайт.
Ал Багдат, Басра, Белх, Дамаск, Хумус, Куфа, Мадина, Мысыр, Нишабур сыяктуу жерлерге бир нече жолу барып ал жердеги эң атактуу 1000ден ашуун аалымдардан хадис жана башка илимдерди үйрөнөт. Башкалары уккан хадисин жазып аткан кезде ал жазчу эмес. Себеби Аллах ага бир укканын жаттап алчу жөндөм берген болчу.
Бухарий Египеттен Орто Азияга чейинки аралыкта сабак берип жүрүп олтуруп өтө көп аалымдарды тарбиялап чыгарды. Алардын арасында-Тирмизий, Имам Муслим, Абу Дауд, Несаи, Абу Зура, Муслим бин Хажжаж сыяктуу атактуу аалымдар бар болчу.
Миңдеген шакирттерди жетиштирген соң, Нишабурга андан кийин да Бухарага келди. Бухарлыктар аны кубануу менен, шаан-шөкөт менен тосуп алышты. Бухарада медресе куруп, илимге болгон кызматын уланта баштайт. Бир күнү Бухаранын мэри Абул Хайсам Бухарийге киши жөнөтүп “Мага келип жеке сабак берсин, башка эч ким ал сабака катышпасын”-дейт. Бухарий өмүрү саясаттагы, бийликтеги адамга барган эмес болчу. Эч качан бир бай, бий болгон адамдын алдында баш ийген эмес болчу. Натыйжада ал мэрдин бул сунушуна макул болбой коёт. “Мэр сабак алгысы келсе илимге ызат көрсөтүп, мечитке келип, эл менен бирге олтуруп, сабак алсын”-деп жооп берет. Муну уккан мэр жөн калбастан дагы киши жөнөтүп:”Балдарыма келип жекече дарс берсин”-деп айттырат. Бухарий буга да макул болбой коет. Натыйжада мэр менен Бухарийдин ортосуна чок түшөт. Бухарий Бухарадан кетүүгө мажбур болот. Мэрдин кылган кылыгына ичинен нааразы болот. Көп өтпөй вали кызматтан алынып, зынданга салынат. Бухарий болсо Самаркандка карай жол тартат. Самаркант элинин бир бөлүгү Бухарийдин келүүсүн каалабай аткандыгын уккан кезде Самаркантка баруудан баш тартат. Харкент шаарчасында туугандарынын үйүндө туруп калат. Адамдардын мындай мамилесине көңүлү ооруду. Бир түнү тахажжуд намазынан кийин “Йа Рабби! Ушундай кенен дүйнө мага тар келди, мени өзүң тарапка ал”-деп дуа кылат. Көп өтпөй ооруга чалдыгат. 870-жылы Самарканддан 72 км алыстыкта жайгашкан Харкент шаарчасында Рамазан майрамы күнү түндөсү көз жумат.