L’Abbazia di Novacella fu fondata nel 1142 dal vescovo della diocesi di Bressanone Beato Artmanno. Nel 1143 fu riconosciuta giuridicamente da papa Innocenzo II. Il cenobio appartiene alla Congregazione Lateranense Austriaca dei Canonici Regolari di San Agostino. L'edificio è stato diverse volte ricostruito e ampliato fino a tutto il Settecento. L'Abbazia, fin dalla sua fondazione, è stata un luogo di ricovero per i pellegrini provenienti dal Nord Europa e diretti verso Roma, dopo il difficile attraversamento dei valichi alpini. A seguito della soppressione degli ordini religiosi, voluta da Napoleone, l'Abbazia di Novacella fu soppressa nel 1807. Con la riunificazione del Tirolo all'Austria l'Abbazia fu ripristinata e reinvestita dei suoi diritti e beni con l'editto dell'Imperatore Francesco I (1816).
I Canonici Regolari di Sant'Agostino da secoli si occupano dell'educazione dei ragazzi. Infatti l'Abbazia è tuttora sede di un collegio con scuola media frequentato da studenti provenienti da Bressanone e da varie parti della provincia di Bolzano.
Da ormai più di trent'anni la vocazione educativa si rivolge anche alle persone più adulte, infatti dal 1970 nell'abbazia esiste un Centro Convegni. È inoltre stato istituito un centro per la pastorale del turismo e per l'apostolato biblico, oltre ad un centro ecologico (ÖZN - Ökozentrum Neustift) fondato nel 1988.
Oggi si visitano la grande chiesa barocca dedicata alla Madonna, ricca di opere d'arte, e gli stupendi saloni della Prelatura. Dal 2004 anche il giardino storico è stato riaperto al pubblico dopo lavori di restauro e valorizzazione (nel triennio 2000-2003).