El municipio se creó un 28 de agosto de 1871, por un grupo reducido de pobladores provenientes de Santa Bárbara para sembrar en sus tierras. Primordialmente, caña de azúcar y bananos, ya que está enclavada en pleno Valle de Sula.
Antiguamente, Villanueva era una aldea que se llamaba Llano Viejo y por motivo de inundaciones en el sector fue reubicada al sitio donde está actualmente llamándola con el nuevo nombre de aldea Villanueva, hasta su creación como municipio el 28 de agosto de 1871. Pero, no se declararía ciudad hasta marzo de 1945. Durante ese tiempo, como en casi todo el país, no había una adecuada pavimentación. Durante los años 1980, la ciudad se industrializó, atrayendo a más población al municipio gracias a las oportunidades de trabajo que se dieron con la llegada e instalación de las fábricas en los alrededores del municipio. La inmigración fue tal que hasta llegó a haber problemas con el servicio de agua potable, por ende, se tuvo que racionar, medida que perdura hasta hoy en día.
A partir de los años 1990, gracias a una reforma de a la ley de municipalidades, el municipio recauda mayores ingresos gracias a los impuestos, lo cual le permitió una modificación estética con la pavimentación de sus carreteras, reconstrucción del centro municipal y más obras de infraestructura. Es uno de los principales municipios productores de caña de azúcar, por esto es llamada "La ciudad que endulza a Honduras".
Uno de sus más destacados alcaldes fue Ernesto Nájera, que formó parte durante el período que se pavimentaron las calles principales de Villanueva, Cortes. Tiempo en el que comenzaba el desarrollo de Villanueva con la llegada de las maquilas.