Крім слідів у пустелях, геологічними свідоцтвами Всесвітнього Потопу можуть вважатися донні та прибережні відкладення водних басейнів, а також палеонтологічні залишки в них. Їхнє дослідження, включно з літологічними, мінералогічними, геохімічними показниками дає можливість відновити умови осадконакопичення, склад потопних вод і послідовність потопних подій.