สันนิษฐานว่าเป็นวัดเก่ามีมาแต่โบราณไม่ปรากฏชื่อ สร้างเมื่อปี พ.ศ. 2375 และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. 2423 ตรงกับสมัยของรัชกาลที่ 2 ในสมัยพระอธิการโตอดีตเจ้าอาวาสได้เกิดเพลิงไหม้เสนาสนะต่าง ๆ จนหมดสิ้น เหลือแต่อุโบสถเท่านั้น หลักฐานต่าง ๆ ของวัดจึงถูกเพลิงเผามอดไหม้ไปด้วย
พระพุทธรูปปางมารวิชัย (หลวงพ่อปู่) ในอุโบสถนั้นเคยประดิษฐานอยู่ที่วัดช่องสะเดา เป็นวัดร้างเก่าแก่ตั้งอยู่ริมแม่น้ำท่าจีนซึ่งสิ่งก่อสร้างต่าง ๆ หักพังหมดแล้ว ดังนั้นชาวรามัญบ้านกำพร้าจึงได้อัญเชิญมาทางเรือสององค์ องค์หนึ่งเนื้อสำริด ส่วนอีกองค์หนึ่งเนื้อศิลาแลง ล่องเรือมาตามแม่น้ำท่าจีน พอเรือใกล้ถึงหน้าวัดโกรกกรากได้เกิดลมพายุฝนตกหนักล่องเรือต่อไปไม่ได้ จึงนำเรือมาจอดหลบลมฝนริมคลองข้างวัด พอจอดเรือเรียบร้อยก็ช่วยกันยกพระศิลาแลงขึ้นมาบนฝั่งเพื่อไม่ให้ถูกน้ำฝนเซาะ เมื่อลมฝนสงบแล้วจึงยกพระศิลาแลงลงเรือเพื่อจะล่องต่อไป แต่ปรากฏว่ายกไม่ขึ้นทำอย่างไรก็ยกไม่ขึ้น หนึ่งในจำนวนชาวรามัญบ้านกำพร้าที่อยู่ในเหตุการณ์ได้อธิฐานว่าถ้าพระศิลาแลงจะอยู่วัดโกรกกราก ก็จะขออัญเชิญพระศิลาแลงไปประดิษฐานยังอุโบสถ ปรากฏว่าสามารถยกขึ้นได้ นับแต่นั้นมาทางวัดจึงมีพระศิลาแลงเป็นพระประธานในอุโบสถตั้งแต่บัดนั้นจวบจนถึงปัจจุบัน
การสวมแว่นตาดำให้พระพุทธรูปนั้น มีประวัติเล่าว่าเนื่องจากครั้งหนึ่งได้เกิดโรคตาแดงระบาดไปทั่วบ้านโกรกกราก การแพทย์ยังไม่เจริญ ด้วยความเลื่อมใสศรัทธาองค์พระศิลาแลงกันมานาน ชาวบ้านจึงได้พากันมาบนบานศาลกล่าว ถ้าตาหายเจ็บหายแดงจะนำแผ่นทองมาปิดที่ดวงตาขององค์พระศิลาแลง ผลปรากฏว่าตาหายแดงกันทั้งหมู่บ้าน ชาวบ้านจึงได้นำแผ่นทองมาปิดที่ตาขององค์พระศิลาแลงเต็มไปหมดจนเกิดความไม่สวยงาม ต่อมาพระครูธรรมสาคร (หลวงปู่กรับ ญาณวฑฺฒโน) เจ้าอาวาสในขณะนั้นจึงหาอุบายโดยนำแว่นตามาใส่ให้พระศิลาแลง หลังจากนั้นเป็นต้นมาชาวบ้านจึงมีการถวายแว่นตาแทนการปิดทองไปโดยปริยาย