蜈蚣陣發源於中國閩南漳、泉一帶，最初屬於化妝遊行的陣頭形式，清同治年間李禧所著之《紫燕金魚室筆記》中有對蜈蚣陣加以描述：「……太平媽宮迎天妃香踵事增華盛極一時，粉閣彩閣外，別有蜈蚣棚數架。蜈蚣棚者，搭木條如橋狀，木條相接處鑿圓孔，中貫以軸，木條能轉折自如，軸長數尺，以壯夫撐于肩上，棚長一二丈不等，上以童男女扮故事，龍頭鳳尾，遊行道上，活動如蜈蚣，故俗以是名之」。
蜈蚣陣傳到臺灣後，因地制宜發展成宗教儀式特別濃厚的陣頭，又叫作百足真人。在臺灣的西南沿海一帶，北至曾文溪流域，南至東港溪流域，自古以來容易發生水患的地區，為蜈蚣陣發展的重點區域；在臺南地區可見蜈蚣陣身影的祭典包括：西港刈香、佳里蕭壠香、土城聖母廟王醮、麻豆代天府三年一科祭典與學甲慈濟宮上白礁謁祖。