清乾隆末年建，當時淡水三邑、同安、安溪、漳州的閩南人與汀州、潮州、嘉應等地的客家移民，均奉媽祖，共獻銀錢。嘉慶元年（西元1796年）竣工。淡水福佑宮背山而建，向上攀緣，即見清水祖師廟。佛教禪師慶西和尚任開山住持。