Στο Μεσαίωνα αναφερόταν ως Νέαι Πάτραι. Από το 1268 ήταν πρωτεύουσα της αυτόνομης ηγεμονίας της Θεσσαλίας και, μεταξύ των ετών 1318 και 1390, ήταν έδρα του σταυροφορικού Δουκάτου Νέων Πατρών.
Αργότερα αναφερόταν ως Πατρατζίκι, όνομα που καταγράφεται και σε πρακτικά των ετών της Επανάστασης του 1821, όπως για παράδειγμα στα Πρακτικά της Συνέλευσης των Σαλώνων, ως τόπος προέλευσης του Γεωργίου Αινιάν.
Τον Μάιο του 1821, οι οπλαρχηγοί Δήμος Σκαλτσάς (ή Σκαλτσοδήμος), Γιάννης Γκούρας και Αντρίτσος Σαφάκας κατέλαβαν τη θέση Αετός με σκοπό χτυπήσουν τους Τούρκους στην Υπάτη, κυκλώθηκαν όμως με τους άντρες τους από 1500 Τουρκαλβανούς και αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν. Στις 2 Απριλίου του 1822, ο Σκαλτσοδήμος μαζί με τους Σαφάκα, Δυοβουνιώτη και Μήτσο Κοντογιάννη νίκησε τον Δράμαλη σε μάχη που έγινε στην ευρύτερη περιοχή της Υπάτης.
Η πόλη υπέστη δεινά κατά τη διάρκεια της κατοχής του Άξονα : 16 κάτοικοι δολοφονήθηκαν ως αντίποινα για το σαμποτάζ του Γοργοποτάμου το 1942, ενώ στις 17 Ιουνίου 1944,ημέρα Σάββατο, οι Γερμανοί την περικύκλωσαν και στη συνέχεια εκτελέστηκαν 28 άνθρωποι και κάηκαν 375 από 400 κτίρια.[εκκρεμεί παραπομπή] Στην είσοδο του χωριού από την πλευρά της Λαμίας έχει ανεγερθεί σχετικό μνημείο, ενώ έχει ανακηρυχθεί Μαρτυρική Πόλη.