La historia comienza en el Antiguo Egipto, con el príncipe de la dinastía (Atem), que a menudo pasa el tiempo en el Campo de Duelo jugando contra otros aldeanos y sus dos amigos, Jono y Teana.
Una noche, Atem escapa de Shimon Muran, su tutor y consejero, para visitar el Campo de Duelo, donde se encuentra con Teana y algunos otros aldeanos. Después de algunas partidas, Teana le avisa de un festival que ocurre en la Plaza de la Ciudad y entonces deciden ir a verlo. Observan a los magos marchar alrededor del Santuario mientras estos sostienen banderas y Teana comenta que las ceremonias comienzan a parecer más "oscuras", asumiendo que es obra del "detestable" alto mago Heishin, un hechicero que lidera un grupo independiente de altos magos.
Parte de la historia también se basa a través de la aventura que recorres en este caso con Yugi Muto, a través de un torneo de Duelo de Monstruos en el campeonato de Seto Kaiba, para conseguir los Artículos Milenarios. Después de eso, el Faraón sin Nombre llega a ser liberado del Rompecabezas. Es allí cuando el jugador vuelve al Antiguo Egipto para volver a enfrentarse a los Altos Magos y derrotar al malvado Heishin.