Este documental retoma la figura legendaria de Zapata y reconstruye su historia desde su infancia en el estado de Morelos hasta su ascenso a comisario ejidal, a líder de las fuerzas insurgentes y, eventualmente, a destacado General Revolucionario, hasta llegar a su trágico asesinato a traición.
Mientras que historiadores y especialistas narran los ajetreados años en que Zapata se erigió como mito, el documental sigue a los familiares y descendientes del General y abren las puertas a su mundo en diferentes ciudades del estado de Morelos, como Anenecuilco o Villa de Ayala, tierras donde Emiliano creció y forjó su destino.
Trazando en paralelo la historia del hombre y del mito, Zapata Vive muestra la mirada del pueblo mexicano en la actualidad, quien aún sostiene a su nombre como bandera de lucha y clama que el héroe no ha muerto, sino que vive en sus corazones como el inigualable defensor de los derechos del mundo indígena y rural.