В 1791 году Екатерина II грамотой пожаловала «Верному черноморскому казачьему войску» Таманский полуостров и Прикубанье. Началось интенсивное заселение кубанских земель. В 1794 году были основаны первые 40 станиц, расположившихся на правобережной Кубани. Казаки начали заселение кубанской земли. В 1857 году Адагумский отряд прибыл на место строительства Нижне-Адагумского укрепления (х. Новотроицкий). Первый гарнизон укрепления состоял из 17-й и 18-й рот Кавказкого пехотного полка. Артиллерийское вооружение состояло из 4-х пушек. После окончания Кавказкой войны пост был ликвидирован. Все правительственные мероприятия по заселению предгорий Северного Кавказа и развитию частной собственности способствовали притоку переселенцев на Кубань. В этот период стали появляться новые поселения. К концу 70-х годов на северо-восточной окраине ст. Крымской стихийно образовалось торговое местечко, в котором проживало 163 семейства отставных солдат и иногородцев. По просьбе атамана станицы Крымской было отведено от 500 до 1000 десятин земли на довольствие каждой семье по 5 десятин в восьми верстах от ст. Крымской по направлению к бывшему Новотроицкому укреплению. Так образовался хутор Новотроицкий. В 1899 году на месте п. Южного стоял хутор Кочубеевский, окруженный зажиточными поместьями казаков Черного, Лысенко, Белого. Хутора казаков Левченко, Овчаренко, Петренко располагались на реке Адагум (ныне х. Красный). Размещались поместья на холмах среди леса и плавней. Прикубанские плавни занимают большую часть поселения. На территории п. Южного, после коллективизации в 1928-1929 годах, было организовано подсобное хозяйство от цементного завода «Пролетарий» г. Новороссийска, а в 1936г. стало отделением совхоза «Раевский». В 1946 году подсобное хозяйство преобразовано в совхоз с присвоением номерного знака «13». В 1950 году совхоз «13» приобрел новое направление и стал плодопитомником с выращиванием саженцев плодовых деревьев и роз. Южное сельское поселение расположено на берегу Варнавинского водохранилища, построенного в 1968 году. Варнавинское водохранилище.
Строилось водохранилище с целью увеличения площади орошаемых земель для выращивания риса, овощных культур, а также для регулирования стока впадающих в водохранилища рек: Абин, Адагум, Кауфа, Шибик. Лиманы водохранилища являются нерестилищем и средой обитания ценных промысловых рыб: леща, судака, тарани, белого и пестрого толстолобика, шемаи, рыбца. Основной тип растительности пролесков: клен, ясень, осина, берест и тополь, где гнездятся: кукушка, лысуха, выпь, дятел, соловей, сова, а также фазан и перепел. Животный мир представлен: лисами, зайцами, куницами, енотовидной собакой; водятся барсук, выдра, шакал, ястреб-перепелятник, вальдшнеп. На водоемах цапли (белые и серые), бакланы, лебеди, кряква.