Forte Sperone sorge sull'originario punto di scissione dei due crinali, digradanti verso Genova, che nel XVII secolo si pensò di sfruttare per la realizzazione delle mura cittadine.
Le prime notizie riguardanti una fortificazione al Peralto, chiamata Bastia o Bastida, risalgano al 1319. La posizione di quell'antica fortezza non è ben chiara; secondo alcune fonti era ad una quota inferiore rispetto quella dell'attuale Sperone. Con l'edificazione delle Nuove Mura, le sue strutture furono, probabilmente, in esse assorbite. A quell'epoca della fortificazione attuale non esisteva nulla. Durante l'assedio del 1747 veniva disposta l'erezione di un Cavaliere in gabbioni sul bastione nord, in modo d'aumentare la potenza di fuoco dell'artiglieria. Nel settembre dello stesso anno furono appaltati ed intrapresi i lavori per l'edificazione di un quartiere con tetto a falde e di una rampa in muratura per accedere al cavaliere.
Nel 1788 l'opera era formata dal Cavaliere e dal quartiere a due piani, provvisto di cisterna e parallelo ad esso. Erano presenti anche due piccoli quartieri sul bastione di levante. Nel 1796 erano ancora in corso i lavori per il completamento della caserma. Nello stesso periodo, questa fu ampliata con l'inserimento di due corpi con tetto a falde, perpendicolari ad essa.
La fortificazione attuale si articola su tre livelli: sul primo si apre l'accesso principale, sul secondo (parallelo al primo) erano uffici e camere dei graduati; nel terzo, che è la parte più antica, si trovavano gli alloggiamenti della truppa.
Intorno al 1820 iniziò la costruzione del secondo livello, con una caserma parallela al primo fronte. In quello stesso periodo fu demolito il cavaliere; al suo posto venne inserita la rampa d'accesso al gran bastione. Dallo stesso anno l'antica caserma, demolendo i due corpi settecenteschi, fu ampliata con la costruzione di una nuova ala verso levante, l'inserimento delle caratteristiche torri e la realizzazione di una seconda campata parallela alla prima. Infine venne realizzata la sottostante polveriera.
Intorno alla seconda metà dell'ottocento, sul terrazzo dell'antica caserma e sul secondo fronte bastionato, fu inserito un tetto a falde con copertura in ardesia, distrutto durante l'ultima guerra per asportarne i materiali.
Il complesso fu utilizzato come prigione durante la guerra del 15-18. Nell'ottobre 1958 parte del Forte è stato concesso in uso alla Guardia di Finanza, che vi realizzò una casermetta per i servizi della guarnigione e del ponte radio. Nel 1981 il complesso è stato dismesso dalla Guardia di Finanza. Successivamente ha ospitato spettacoli teatrali e manifestazioni estive all'aperto. Oggi, di proprietà del Comune di Genova, è abbandonato.