- - Autoreis: In de voetsporen van Marco Polo --
Samarkand werd in de 14e eeuw v.Chr. in de vruchtbare aarde van Serafšān als oase-stad gesticht.
Het is een van de steden op de zijderoute tussen het Midden-Oosten en China, en dankt daar grotendeels ook zijn welvaart aan. Alexander III de Grote veroverde de stad (toen bekend als Marakanda) in 329 v.Chr.
De Arabieren brachten de islam naar de regio Sogdië, die grotendeels christelijk was. Ibn Qutaiba veroverde de stad voor het eerst in 712, maar er volgden een aantal opstanden. Het duurde tot in 753, na de nederlaag van de Chinezen bij de rivier de Talas in 751, voor de islam er voorgoed vaste grond onder de voeten kreeg. In 1141 voegde de Kitan-vorst Yelü Dashi van de westelijke Liao, die goede betrekkingen onderhield met de Nestorianen, de stad toe aan zijn rijk.
In 1220 veroverden de Mongolen van Dzjengis Khan de stad, waarbij deze zwaar beschadigd werd. Timoer Lenk maakte Samarkand in 1370 de hoofdstad van zijn grote rijk. Timoer liet bouwmeesters uit zijn hele rijk naar Samarkand komen om zijn hoofdstad te verfraaien. Veel van de historische gebouwen die nog te zien zijn, zijn van Timoers hand.
In 1868 kwam de stad onder Russische controle (protectoraat). In 1920 werd de laatste emir, Alimkhan, door de bolsjewieken verdreven. Hierna werd de sovjetrepubliek Boechara uitgeroepen. In 1924 ging deze echter op in de Oezbeekse Socialistische Sovjetrepubliek, waarvan het tot 1930 de hoofdstad was.
Daarna kreeg Tasjkent deze positie in handen en heeft deze tot op heden behouden.
Na het uiteenvallen van de Sovjet-Unie in 1990 kwam de stad onder Oezbeeks bestuur.