Im Jahr 1862 beginnt in Amerika die moderne Kriegsführung. Lincolns Kampf um den Erhalt der Union wird zu einem Kampf um die Befreiung der Sklaven. Den Auftakt des zweiten Teils bilden die parteiinternen Machtkämpfe, unter denen Lincolns Regierung zusammenzubrechen droht.
Dann folgt die Schilderung des glücklosen Feldzugs von Unionsgeneral George McClellan auf der Virginia-Halbinsel, wo seine gewaltige Armee auf die zahlenmäßig unterlegene, aber weitaus schlagkräftigere Streitmacht der Konföderierten trifft. Ken Burns bringt dem Zuschauer die gewaltigen Seegefechte nahe, die sich die gepanzerten Kriegsschiffe liefern, aber auch das Leben in den Heerlagern.
Ab diesem Zeitpunkt ist die Sklavenhaltung nicht mehr selbstverständlich. Die militärischen Erfolge des Nordstaaten-Generalmajors Ulysses S. Grant gipfeln in der blutigen Schlacht von Shiloh, in Tennessee. Der zweite Teil der Dokumentarfilmreihe endet mit dem Gerücht, in Europa sei man bereit, die Konföderation anzuerkennen.
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