Die Kaisergruft befindet sich unter der Kapuzinerkirche und ist für Angehörige des ehemaligen österreichischen Herrscherhauses Habsburg bestimmt.
In der Gruft wird seit dem Jahr 1633 beigesetzt. 149 Habsburger, davon 12 Kaiser sowie 19 Kaiserinnen und Königinnen, haben dort ihre letzte Ruhestätte gefunden. Der prachtvolle Doppelsarkophag für Maria Theresia und ihren Gemahl, Kaiser Franz I. Stephan von Lothringen, ist ein Werk Balthasar Ferdinand Molls.
In starkem Kontrast dazu steht der schlichte Sarg ihres Sohnes Joseph II. Der letzte hier bestattete Kaiser war Franz Joseph I. (1916). Auch die Sarkophage von Kaiserin Elisabeth und Kronprinz Rudolf befinden sich in der Gruft, die von den Kapuzinern betreut wird. Die Herzen der Habsburger wurden von 1654 bis 1878 in der Herzgruft in der Augustinerkirche bestattet.
Bis heute finden Begräbnisse in der Kaisergruft statt: 1989 wurde Zita, die letzte österreichische Kaiserin, hier bestattet. Und am 16. Juli 2011 fand ihr ältester Sohn, der ehemalige Kronprinz und Europa-Politiker Otto Habsburg, gemeinsam mit seiner Frau Regina hier seine letzte Ruhestätte.