Место для строительства монастыря было выбрано в 1875 году по поручению афонских старцев. Вскоре монахами монастыря святого Пантелеимона со Старого Афона было начато строительство монастырского комплекса. Объём работ был колоссальным - для расчистки площадки необходимо было срезать часть горы и вывезти десятки тысяч тонн земли и горной породы. Задача усложнялась тем, что место будущего монастыря находилось на значительном возвышении и не имело удобных подъездных путей.
Во время Русско-турецкой войны (1877-1878) монастырь подвергся разорению и разграблению.
В 1880 году было начато восстановление обители, продолжавшееся 20 лет. В восстановлении монастыря принимал участие император Александр III. В частности, его подарком являются музыкальные куранты самой высокой башни (колокольня в центре западного корпуса) монастыря. Пожертвования на строительство собирались на подворье Ново-Афонского монастыря, строительство которого было полностью профинансировано Пантелеимоновой Афонской обителью. Строительство было завершено к 1900 году. 28 сентября 1900 года состоялось освящение обители.
Монастырь был построен у древнего храма апостола Симона Кананита, где под спудом почивают его святые мощи. Неподалёку от храма находится пещера, в которой, по преданию, уединялся и молился Симон Кананит. Пещера эта в 1884 году освящена водосвятием, и в ней поставлена икона святых апостолов Андрея и Симона, именем которых она называется с незапамятных времен....